此案件，有以下两种观点。

一种观点认为，直至张三起诉之日，李四开发公司尚未交房，其逾期交房的违约行为一直在延续，不应再计算逾期办证的违约金。

另一种观点认为，合同中明确约定了具体的交房和办证日期，现李四开发公司未能按期履行，就应分别承担违约责任。张三要求李四开发公司支付相应逾期交房违约金和逾期办证违约金，应予支持。

司法实践中多采用第二种观点，理由如下：

1.商品房买卖合同大多属于格式合同，签订合同过程中开发公司占据主导地位，对于合同内容具有较大的决定权，尤其是交房及办证时间，一般由开发公司确定。在此背景下，作为专业的房地产开发企业，在何时交房、交房之后多长时间申请办证等时间的确定上，应当在签订合同之前就已经充分考虑到建筑施工实际情况、政策法律规定等各种因素，进行了较为精准的测算。最终，经过双方协商，对交房时间和办证时间等作了具体的约定。既然有了明确约定，则开发公司逾期履行，就应当分别承担违约责任。

2.同时支付两种逾期违约金符合公平原则。商品房买卖合同中买房人的主要义务就是按期足额支付购房款，而开发公司的主要义务就是交付符合条件的商品房和权属证书。合同中不仅规定了开发公司逾期交房和办证的违约责任，对买房人逾期付款的违约责任同样作了规定，可以说双方之间的权利义务对等。开发公司在合同中明确承诺了具体的交房日期和办证日期，并分别约定了违约金，在违约情形下应依据合同约定分别承担违约责任。

3.《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第十七条规定了逾期交房违约责任的承担方式，第十八条规定了逾期办证承担违约责任的具体情形。对于开发公司超过办证日期尚未交房的，司法解释并没有规定例外情形，并未规定不能同时计取违约金。并且根据第十八条的规定，只要超过合同约定的办理房屋所有权登记的期限，除当事人有特殊约定外，开发公司理当承担违约责任。而本案所涉合同中并没有不能同时计取违约金的约定。

4.开发公司超过办证日期尚未交房，同时计取逾期交房违约金和逾期办证违约金，可以督促开发公司进一步规范管理，积极完成商品房的建设施工，早日达到交付条件，并及时申请办理权属证书，维护购房者的合法权益。当然，根据合同法的规定，当事人之间约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求法院适当减少，开发公司可据此并根据实际情况请求减少违约金。

相关司法判例

（杭州市中级人民法院（2013）浙杭民终字第113号民事判决、浙江省高级人民法院（2013）浙民提字第57号民事判决书）

2010年4月，何惠琴与德嘉公司签订商品房买卖合同，约定何惠琴购买德嘉公司开发的金沙阳光公寓房屋一套。合同约定德嘉公司于2011年12月28日前将符合约定条件的房屋交付给何惠琴，于2012年3月30日前取得相关土地、房屋权属证书交付给何惠琴；并分别约定了违约责任。德嘉公司实际于2012年3月23日通知何惠琴收房，于同年6月15日通知何惠琴办理房产证。2012年9月，何惠琴起诉要求德嘉公司自2011年12月29日、2012年3月31日起分别支付逾期交房违约金和逾期办证违约金。

对于本案逾期办证违约金，存在不同意见。有意见认为，根据《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第十八条第（二）款规定，期房的办证期间应为房屋交付后90日。双方合同约定的德嘉公司交房日期和办证日期亦间隔3个月，因此，在德嘉公司逾期交房的情况下，其履行办证义务的期间应为房屋实际交付的2012年3月23日后的3个月内即2012年6月23日之前。本案德嘉公司于2012年6月15日通知何惠琴办理房产证，并未逾期，无需承担逾期办证违约金。有意见则认为，双方合同已经明确约定德嘉公司应于2012年3月30日前履行办证义务，而德嘉公司于2012年6月15日通知何惠琴办理房产证，已经逾期，应当承担逾期办证违约金。

案经审理认为，根据《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第十八条第（一）款规定，在商品房买卖合同已经约定了办理房屋所有权登记期限的情况下，出卖人应当按约履行办证义务，否则应承担违约责任。本案双方当事人订立的合同对德嘉公司应于2012年3月30日前履行办证义务的约定明确、清晰。在合同约定的办证期间届满后至房屋实际交付前，德嘉公司既存在逾期交房的违约行为，也存在逾期办证的违约行为，应分别承担相应的违约责任。